Øens eneste sjældne planteart er eng-klaseskærm, som vokser ret talrigt i rørskoven nord for vigen i sydvesthjørnet. Øen rummer dog tillige en række arter, der er ret fåtallige de fleste steder i landet, fx gul frøstjerne, bredbladet klokke, knippe-star, kvan og skælrod.
Orkidéer er ikke videre almindelige på reservatet. Tyndakset gøgeurt har sandsynligvis vokset her meget længe. Skov-hullæbe, som er den mest almindelige orkidé i Danmark, er udbredt på øen. Tidligere er fundet kødfarvet gøgeurt, maj-gøgeurt og ægbladet fliglæbe, men de alle forsvundet igen.
Dernæst blev den ikke set igen før i 1983, hvor Bernt Løjtnant og Erik Wessberg fandt et blomstrende eksemplar i sydøsthjørnet af Vesterskov – så helt forsvundet var den ikke. Den stod på skovdiget og lyste op, ved dens side var et vegetativt individ. Voksestedet var typisk for arten, en lys skov, fugtig og ikke for overgroet. I en årrække bestod disse to gøgeurter, præcis de samme individer blomstrede hvert forår.
Sidst i 1980’erne var bestanden af rådyr meget stor, og dyrenes effekt på vegetationen var tydelig overalt på øen. Dyrene åd ofte gøgeurterne, sikkert fordi de havde friske blade meget tidligt om foråret.
Bestanden af rådyr kollapsede imidlertid først i 1990’erne, og nu ikke bare blomstrede gøgeurterne, men nye planter kom til få meter fra de gamle individer. Fra 2 stk. i 1992 steg antallet til 15 i 2000, hvoraf halvdelen blomstrede. De to gamle individer forsvandt, og der gik adskillige år, inden nye blev lige så kraftige. Et blomstrende eksemplar blev også fundet på skovdiget nær laboratoriet.
Efter 2003 faldt antallet af gøgeurter langsomt, og i nogle år op mod 2010 kunne den ikke genfindes. Det vides imidlertid, at arten kan overleve underjordisk i adskillige år, og i 2011 dukkede den op igen. I 2019 fandtes omkring 10 individer, hvoraf de fleste dog var vegetative, men i 2020 blomstrede ikke færre end 8 eksemplarer.
En prøveflade, som blev oprettet i 1987 på Østermark, havde gennem adskillige år omkring 100 individer, men efterhånden som tilgroningen skred frem, sygnede bevoksningen helt hen. I dag er der tæt skov af ahorn på stedet.
I 2006 fandtes imidlertid en livskraftig bevoksning på den nærliggende del af Centralmark, hvor en seljepil var segnet, og i de senere år har den vokset langs kørevejen, op til 23 individer.
En anden af disse fåtallige arter er skælrod, der på Vorsø snylter på rødder af bl.a. bævreasp og hassel. Den er kendt for at kunne leve sit liv underjordisk i flere år, inden den igen blomstrer. Udover et enkelt fund på Vestermark i 1969 var den eneste kendte bevoksning en klon på diget i Vesterskovs bryn nær laboratoriet. Nogle år var den der, andre år ikke, og altid i vekslende intensitet. Nogle år blev den ædt af rådyr, men det syntes ikke at skade den. Den blev sidst set her i 2012 og er muligvis forsvundet.