I 1990’erne indledtes en ny epoke af Havørnens historie i Danmark. Den genindvandrede hertil fra Tyskland og blev atter fast ynglefugl. Bestanden steg kraftigt og omfattede 12 par i 2005 , 30 par i 2009, 40 par i 2012 og senest 110 par i 2020. Hovedparten ynglede i begyndelsen på Fyn, Lolland og Sjælland, men i dag har den bredt sig til næsten hele landet.
Ørnene tog ofte ophold i de udgåede træer i Østerskov, specielt langs sydøstsiden af øen. Det er ofte vanskeligt at fastslå med sikkerhed, om der er ørn på reservatet, da den kan tilbringe timevis i passivitet. Ofte røbes dens tilstedeværelse dog af Sølvmågers og Kragers varselsskrig, da denne varslen er anderledes, end når der er tale om fx en Vandrefalk eller en Musvåge.
En mere konstant forekomst af Havørn på Vorsø begyndte i sommeren 2005, hvor en han og en hun, begge 2-3 år gamle, opholdt sig dagligt på og omkring øen fra hen i juli til sidst i august. Parret havde nattesæde i Vesterskov, sandsynligvis over en to uger lang periode. De blev også set sidde i en stor udgået eg i Østerskov og på revlerne syd for kysten. Det var indtrykket, at de i nogen grad ernærede sig af skarvunger, som var ude at flyve for første gang. Men også store stimer af multe tiltrak ørnene, da disse fisk netop i juli og august er talrige på det lave vand syd for øen.
Siden sås regelmæssigt en Havørn, der kunne genkendes som en af fuglene i det omtalte par. Samme par, der i 2006 måtte betragtes som adulte fugle, var fast tilknyttet et stort fourageringsområde, som ikke alene omfattede Horsens Fjord, men også det midtjyske søhøjland.
I 2006 blev der observeret Havørn 20 gange omkring Vorsø, mindst tre forskellige individer. En 2 år gammel ørn dukkede op i november. Den opholdt sig nogle dage og blev set jage Blishøns på det lave vand. Netop Blishønen har stor betydning for Havørnen som byttedyr, da den ofte er talrig og ret let at fange. Omkring Vorsø er Blishønen ikke talrig, men i 2006 var der en forekomst på 325 fugle gennem hele efteråret. I begyndelsen af december forsvandt Blishønsene, efter at de var blevet jaget intenst af den unge Havørn gennem ti dage. Ørnen blev heller ikke set mere i 2006. Men netop denne ørn kunne genkendes de følgende år.
I 2007 var der længere perioder uden observationer af Havørn indtil begyndelsen af juli, hvor to ungfugle dukkede op. Indtil sidst på året var der dagligt ørn på reservatet, og overnatning på øen var regelmæssig. 7. august konstateredes, at en Havørn var ringmærket, identisk med ungfuglen fra 2006.
I 2008 begyndte året med lange perioder uden Havørn. 12. april opholdt 2 ørne sig på Vorsø, flere gange kredsende over øen. I maj var der adskillige gange Havørn i Vesterskov, og det skabte megen uro blandt Skarverne. Det var ikke muligt at fastslå, om der var en enkelt eller to fugle. Efter en periode med næsten daglige opflyvninger i skarvkolonien, forårsaget af mulig tilstedeværelse af Havørn, var der i forsommeren længere ophold mellem den specielle atmosfære, der hersker på øen, når der opholder sig ørn. Fra slutningen af juli til sidst i august var der igen næsten dagligt 1-2 ørne. 24. august opholdt den ringmærkede ørn sig i Vesterdam, og ringen blev aflæst. Det var en hun, klækket i 2004, sandsynligvis i Mecklenburg i Østtyskland, hvor den blev mærket i oktober 2005.
I begyndelsen af 2009 blev Havørn kun ganske få gange observeret på reservatet. Det omtalte par slog sig ned i Skanderborg Sø, hvor det fik unger, og arten har ynglet her siden.
Ørneparrets tilstedeværelse resulterede i, at Skarverne stort set forsvandt fra Vesterskov (se mere herom på siden Ynglefuglene på Vorsø).
Ørnenes første rede eksisterede indtil november 2015, hvor redetræet blev væltet af en storm. En ny rede blev bygget i en ask 30 m nordligere, og ynglecyklus foregik som hidtil med æglægning 20.-25. februar. I perioden 2012-2020 fik havørnene i alt 13 flyvefærdige unger (0,1,2,2,2,2,2,1,1). Forøvrigt er det de samme fugle, som har dannet par i hele perioden.
Det er indtrykket at ørneparret på Vorsø fouragerer meget i Nørrestrand, en fuglerig inddæmning i den nordvestlige del af Horsens Fjord. Af byttedyr er observeret Blishøne, Storspove, Skarv, Råge og Ederfugl, bl.a. dununger, samt forskellige fiskearter, bl.a. hornfisk og multe.
Fra begyndelsen af juli ses de flyvefærdige unger omkring Kalven, hvor de bliver indtil oktober. Det hænder dog, at en unge fra forrige år dukker op langt ind i næste års ynglesæson.