Omkring 5 mio. år senere begyndte kontinentaldriften at skubbe jordskorpepladen med den sydlige landmasse ind under den asiatiske plade. Tethys-oceanet svandt ind, mens den fortsatte kontinentaldrift pressede kolossale landmasser i vejret. Således begyndte den proces, der skabte den højeste bjergkæde på Jorden: Himalaya.
De fleste autoriteter regner bjerget Nanga Parbat i det nordlige Pakistan som den vestligste forpost i Himalaya, mens mange andre inkluderer Karakoram-bjergene nord herfor, selv om de strengt taget ligger uden for selve bjergkæden. Himalaya ender ca. 2600 km sydøst herfor, i den nordligste spids af Myanmar.
På sanskrit betyder himalaya ’sneens bolig’ – et meget passende navn, for her findes de 14 bjergtoppe på kloden, som er over 8000 m høje, bl.a. Sagarmatha (8850 m), i Vesten kendt som Mount Everest, i Tibet som Chomolangma, K 2 (8611 m), i Vesten også kaldt Godwin Austen, i Sinkiang Dapsang, Kangchendzonga (8586 m), Lhotse (8511 m), Makalu (8463 m), Cho Oyu (8201 m), Dhaulagiri (8167 m), Manaslu (8163 m), Nanga Parbat (8125 m), Annapurna I (8091 m), samt Shishapangma (8013 m), også kaldt Gosainthan.
Bjergkædefoldningerne er foregået frem til i dag, og parallelt med selve Himalaya er dannet lavere bjergkæder. Den mellemste kæde, som i Nepal kaldes Mahabharat, når en højde af omkring 3000 m, mens de sydligste forbjerge, i Indien kaldt Siwalik, i Nepal Churia, strækker sig op til ca. 1800 m. Det flade lavland ved bjergenes fod, som mange steder befinder sig under 100 meters højde over havet, kaldes for Terai.
Floderne, som i sin tid løb nord-syd fra det asiatiske fastland ud i Tethys-oceanet, var i stand til at skære sig ned i det nydannede land i takt med landhævningen.
Traditionelt regnes Kali Gandaki-dalen, der ligger i det centrale Nepal mellem bjergene Annapurna I (8091 m) og Dhaulagiri (8167 m), for verdens dybeste kløft – omend den ikke er nær så dramatisk som fx Grand Canyon i USA eller Fish River Canyon i Namibia.
Da bjergene skød op, dannedes mange steder søer, men langt de fleste er forlængst blevet drænet af den fortsatte erosion. Et eksempel er Kathmandu-dalen, der indtil for ca. 40.000 år siden var en stor sø. Størsteparten af nutidens søer er kunstige reservoirer, og de fleste naturlige søer er ret små. Nogle eksempler er Dal Lake i Kashmir, Hem Kund i Uttarakhand og Lake Rara i det vestlige Nepal. I modsætning hertil findes hundredevis af store og små søer på den tibetanske højslette, hvoraf mange er salte.
Himalayas flora er kolossalt artsrig. Alene i Nepal forekommer ca. 6500 arter blomsterplanter, og i hele bjergkæden er antallet langt over 10.000. Hertil kommer mange hundrede arter bregner, ulvefødder, mosser og laver. I bogen Forests of Nepal beskriver Stainton 35 plantesamfund, som kan indpasses i seks højdezoner. Da lokale terrænforhold har stor indflydelse på et områdes mikroklima, overlapper disse zoner ofte flere hundrede højdemeter. De vigtigste faktorer, som bestemmer planternes udbredelse, er højde, nedbør, breddegrad, soleksponering, jordbundsforhold samt ikke mindst menneskets indgreb i naturen.
En del af de nævnte plantearter er nærmere omtalt på siden Planteliv: Flora i Himalaya.
I Terai og de laveste forbjerge huserede indtil omkring 1950 en dødelig form af malaria, så her var sparsomt befolket. Siden da har pesticider og afvanding stort set elimineret sygdommen, og størsteparten er blevet afvandet og opdyrket. I dag er den oprindelige flora og fauna i denne zone næsten udelukkende henvist til naturreservater.
I den vestlige del af Himalaya, fra den indiske delstat Himachal Pradesh østpå til det centrale Nepal, er den dominerende træart i de laveste forbjerge sal (se ovenfor), som over ca. 1000 meters højde erstattes af langnålet fyr (Pinus roxburghii). Blandt andre markante træer i denne zone kan nævnes oliven-arten Olea cuspidata, en art af kamelfodstræ, Bauhinia variegata, samt Butea monosperma og en art af koraltræ, Erythrina stricta, der begge tilhører ærteblomst-familien (Fabaceae).
I den østlige del af bjergene er der langt mere fugtigt end i den vestlige del, og her indgår arter som Schima wallichii af té-familien, kastanje-arterne Castanopsis indica og C. tribuloides, som begge har spiselige frugter, en combretacé, Terminalia crenulata, Lagerstroemia speciosa af kattehale-familien, en skruepalme, Pandanus nepalensis, en daddelpalme, Phoenix humilis, en koglepalme, Cycas pectinata, samt træbregner som Cyathea spinulosa.
Efter at den intensive malariabekæmpelse har gjort de lavere dele af bjergene beboelige, er størstedelen af skovene fældet og afløst af agerland. Den resterende skov udnyttes i vid udstrækning til tømmer og brænde, samt foder og græsning til kvæg og geder. Mange steder er anlagt plantager af sal, langnålet fyr og Schima wallichii, som alle er vigtige tømmertræer.
I fugtigere egne af bjergene, fra det centrale Nepal og østpå, er to arter dominerende, ege-arten Quercus lamellosa (af nogle autoriteter kaldt for Cyclobalanopsis lamellosa), samt tårefyr (Pinus wallichiana). Endvidere træffes bl.a. Lithocarpus pachyphylla af bøge-familien, den store Rhododendron arboreum, lønne-arten Acer campbellii, 10 magnolie-arter, hvoraf Magnolia campbellii er den almindeligste, tre arter af stjernetop (Deutzia), som tilhører hortensie-familien, samt adskillige Prunus-arter. Træerne er ofte dækket af epifyter, især laver, bregner, mosser, begonier (Begonia), samt orkidéer af slægterne Coelogyne og Dendrobium.
Mod vest er klimaet langt mere tørt, og vegetationen domineres af ege-arterne Quercus semecarpifolia, Q. floribunda og Q. incana, foruden bl.a. tårefyr, himalaya-gran (Picea smithiana), himalaya-ceder eller deodar (Cedrus deodara), indisk hestekastanje (Aesculus indicus), valnød (Juglans regia), lønne-arter, samt arter af laurbær-familien, fx Machilus odoratissima. I dag er denne skovtype stærkt truet, da den efterhånden kun dækker omkring 55.000 km2.
I underskov og ryddede områder ses ofte krat af forskellige buske, fx to smukke buske af lyngfamilien, Pieris formosa og Gaultheria fragrantissima, forskellige perikon-arter (Hypericum), ærteblomstslægten Indigofera, samt Rubus-arter. Af sidstnævnte slægt findes ikke færre end ca. 45 arter.
Rhododendron-arter, især R. arboreum og R. barbatum, danner også skove, og i blomstringstiden i marts-april kan de stedvis farve landskabet rødt eller lyserødt. Den førstnævnte art er iøvrigt Nepals nationalplante, kaldt lali guras.
I denne zone dominerer adskillige arter af dværgbambus, bl.a. af slægterne Arundinaria og Thamnocalamus, ofte i underskoven, og af fremtrædende buske kan nævnes kvalkved- og berberis-arter, samt en smuk gul ærteblomst, Pipthanthus nipalenses. Blandt urterne lægger man især mærke til de besynderlige Arisaema-arter, som tilhører arum-familien, og hvoraf der findes ikke færre end 16 arter i Himalaya. På stammerne af gamle træer hænger ofte klynger af epifytiske orkidéer, fortrinsvis fire arter af slægten Pleione.
I mere tørre områder danner ene-arterne Juniperus indica, J. recurva og J. semiglobosa åbne krat sammen med buske som forskellige arter af gedeblad (Lonicera) og berberis, samt den velduftende Daphne bholua var. glacialis. Urtefloret rummer fx forskellige arter af ridderspore (Delphinium), kodriver (Primula), stenbræk (Saxifraga), kæmpestenbræk (Bergenia), samt kurvblomster, bl.a. de smukke slægter Cremanthodium og Ligularia.
I regntiden mellem juni og september kan man i de alpine enge opleve et pragtfuldt urteflor med arter af fx kodriver, potentil (Potentilla), valmuesøster (Meconopsis), ridderspore, stenbræk, rosenrod (Rhodiola), skærmplanter, ærteblomster samt kurvblomster som asters, edelweiss (Leontopodium) og fjeldskær (Saussurea). Adskillige arter af ensian-familien kan træffes så sent som i november.
I snefrie områder over ca. 5500 m vokser mest laver, men nogle få blomsterplanter kan også klare de ekstreme forhold. Højderekorden indehaves af sandvåner-arten Arenaria bryophylla, som fandtes i en højde af 6180 m på Mt. Everest i 1921.
I den østligste del af bjergene starter monsunregnen i slutningen af maj, i Nepal midt i juni, og helt mod vest, i det nordlige Pakistan, ikke før begyndelsen af juli. Regntiden slutter i det østlige Himalaya i slutningen af september, mens den i Pakistan slutter allerede i begyndelsen af denne måned. Mod vest falder der til gengæld megen regn om vinteren, mens nedbør på denne årstid er meget sparsom mod øst.
Darjiling, West Bengal, har en gennemsnitlig årlig nedbør på 3100 mm, hvoraf kun 518 mm falder uden for monsuntiden. Til sammenligning har Srinagar i Kashmir en gennemsnitlig årlig nedbør på 661 mm, hvoraf kun 195 mm falder under monsunen.
På grund af den rigelige nedbør er floraen i det østlige Himalaya uhyre varieret og frodig. Efterhånden som man bevæger sig vestpå, bliver den mere og mere artsfattig, og længst mod vest ses en del slægter, som har deres hovedudbredelse i Iran og Middelhavsområdet, dvs. områder med tørre somre. Blandt disse vestlige arter kan nævnes en lilje, Eremurus himalaicus, en tulipan-art, Tulipa stellata, samt mandstro-arterne Eryngium billardieri og E. biebersteinianum.
Efter at monsunen har passeret de højeste bjergkæder, er næsten al vanddampen afgivet, og på den tibetanske højslette nord for bjergene falder kun ganske lidt regn. Denne højslette, hvoraf størstedelen ligger mellem 3500 og 4500 m, er gennemkrydset af bjergkæder. Politisk tilhører det meste af dette område i dag Kina, men biotopen strækker sig adskillige steder ind i Pakistan, Indien, Nepal og Bhutan.
Planterne på denne højslette er tilpasset det tørre klima. Hist og her vokser krat af bl.a. ene- og gedeblad-arter, den smukke Rosa webbiana samt stikkende ærteblomster af fx slægterne Caragana og Astragalus. Kun langs vandløbene findes frodige krat af bl.a. pil (Salix), tibetansk tamarisk (Myricaria squamosa) og tibetansk havtorn (Hippophae tibetana). Urtefloret er rigt med arter af fx storkenæb (Geranium), kodriver, troldurt (Pedicularis), akeleje (Aquilegia) og lærkespore (Corydalis).
Trægrænsen, såvel som snegrænsen, er i den vestlige del generelt 3-400 m lavere end i den sydøstlige del. Snefald forekommer almindeligt i Srinagar i Kashmir, mens det aldrig sner i Kathmandu, der ligger i samme højde over havet, men 6,5 breddegrader sydligere. Ikke overraskende optræder langt flere nordasiatiske og europæiske plantearter i den nordvestlige del af Himalaya end i den sydøstlige del.
Det meste af den resterende naturskov udnyttes til ekstensiv husdyrgræsning, og løvet hugges af visse træarter, ligeledes til dyrefoder. I højereliggende dale findes utallige græsgange, som anvendes mellem juni og september, og omkring disse bærer skoven præg af kraftigt forbrug af træ til brænde samt til opførelse af sommerboliger. Græsningen i højlandet eliminerer mange plantearter, mens forekomsten af giftige eller meget stikkende planter fremmes, fx Iris kemaonensis, Anemone rivularis, Astragalus candolleanus, kodriver-arter (Primula) samt arter af valmuesøster (Meconopsis).
Mange områder afbrændes med jævne mellemrum for at fremme bevoksningen af græs til dyrefoder. Ofte breder ilden sig til omliggende skove, og træer som ædelgran, skarntydegran og cypres tager megen skade af sådanne brande. Store individer af langnålet fyr kan overleve en brand, mens unge træer dræbes. Hos tårefyr forholder det sig stik modsat. Ilden dræber gamle træer, men favoriserer spiringen af nye individer. Hvor der med nogle årtiers mellemrum er skovbrande, ses store bevoksninger af unge tårefyr, ofte med dværgbambus i bunden. Agerbruget fremmer forekomsten af talrige ukrudtsarter, hvoraf mange også findes i Europa og Nordamerika.
Udbredelsen af den naturlige vegetation mindskes til stadighed over det meste af Himalaya. Langt den overvejende del af den tilbageværende skov findes mod øst, især i Bhutan samt i den indiske delstat Arunachal Pradesh. Bhutan har et skovdække på ikke mindre end 70%. Den procentvise andel af skovdækket mindskes jævnt, jo længere vestpå man kommer. Arealet af skov i Nepal skrumpede ind med en fjerdedel (11.000 km2) mellem 1990 og 1995, og i 1995 var skovdækket nede på ca. 25%. I Pakistan er situationen kritisk. I Karakoram-bjergene er der nu mindre end 20.000 km2 skov tilbage, og dette areal mindskes årligt.
Gennem årtusinder har befolkningen i Himalaya anvendt traditionel medicin, og indsamling af urter til denne medicin er fortsat en meget almindelig praksis. Visse plantearter trues af en alt for kraftig udnyttelse, fx Sinopodophyllum hexandrum af berberis-familien, en malurt, Artemisia brevifolia, samt fjeldskær-arten Saussurea costus. Nogle arter gik tilbage med over 80% i løbet af kun 10 år. Det indiske Pragya Project arbejder med at bevare sådanne arter gennem dyrkning af de mest truede arter, oplysning til landsbyboerne, samt oprettelse af lokale grupper, som skal sørge for en bæredygtig udnyttelse.
Siden 1970’erne har Himalayas storslåede landskaber været et eftertragtet feriemål for vandringsfolk. Snart begyndte masser af turistgrupper at campere i bjergene, og i landsbyerne opstod hurtigt talrige småhoteller, hvor individuelle vandrere kunne spise og overnatte.
Specielt i 1980’erne og 90’erne havde disse tusindvis af turister en ret betydelig indflydelse på plantelivet. Til madlavning, opvarmning og brusebade blev i gennemsnit brugt ca. 10 kg brænde pr. vandrer pr. døgn. Dette brænde blev naturligvis hentet i den omgivende skov, og langs de populære vandreruter begyndte skovene hurtigt at bære præg af overforbrug. Derfor blev der i 1990’erne mange steder indført påbud om, at camperende grupper skal bruge petroleum ved madlavning, og individuelle vandrere opfordres til at bo på hoteller, der anvender energi fra solvarme eller elektricitet til madlavning og brusebade.
For at opleve det rige blomsterflor er det normalt nødvendigt at komme bort fra tæt beboede egne. Da en stor del af Himalaya er uden vejnet, er man derfor ofte nødsaget til at gå temmelig lange strækninger. Der er dog et vidt udbredt net af vandrestier i bjergene, da befolkningen fra gammel tid har transporteret varer på ryggen af bærere, heste, muldyr og yakokser.
I populære turistbyer, fx Kathmandu og Pokhara i Nepal, Manali i Himachal Pradesh, Leh i Ladakh samt Darjiling i West Bengal, kan man leje bærere eller mænd med heste eller muldyr til at fragte telte, kogegrej, mad etc. til områder uden hotelfaciliteter.