Efter legenden er skabelsen af disse søer forbundet med det episke drama Piskningen af Mælkehavet fra Bhagavata-Purana. Guderne var blevet svage, og asura’erne (dæmonerne) havde overtaget deres magt. Guderne appellerede til den høje gud Vishnu for hjælp, og han foreslog, at de skulle prøve at genvinde deres magt ved at drikke den mirakuløse amrita, det evige livs nektar, som de kunne få fat i ved at piske det kosmiske mælkeocean og derved bringe krukken med amrita op til overfladen. Vishnu rådede dog guderne til at behandle asura’erne diplomatisk ved at foreslå dem, at de sammen skulle piske oceanet. Når krukken med amrita kom til overfladen, ville Vishnu sørge for, at guderne fik fat i den.
For at kunne udføre denne formidable handling rev guderne og asura’erne bjerget Mandara op med rode, placerede det med spidsen nedad i oceanet, og snoede derpå den gigantiske, mange-hovedede naga (slange) Vasuki rundt om bjerget. Ved at trække skiftevis i slangens hoved og hale ville bjerget agere som et kæmpemæssigt piskeris og således bringe krukken med amrita op til overfladen. Bjergets spids begyndte imidlertid at bore sig ned i havbunden, så Vishnu antog skikkelse af en gigantisk avatar (inkarnation) ved navn Kurma, halvt mand, halvt havskildpadde, hvorpå han dykkede ned til havbunden, hvor han placerede Mandara på sin ryg, hvilket gjorde piskningen mere effektiv.
Til slut lykkedes det at få krukken med amrita op til overfladen, hvorefter et mægtigt slag begyndte mellem guderne og asura’erne for at få tag i den. Det lykkedes asura’erne at gribe den og løbe af med den. Igen appellerede guderne til Vishnu, som antog skikkelse af en ny avatar, Mohini, en smuk gudinde, som forførte asura’erne og fik fat i krukken med amrita, hvorved han forhindrede ondskaben i for evigt at overtage verden, og det gode vandt.
Piskningen var imidlertid yderst pinefuld for Vasuki, som begyndte at spytte store mængder gift ud. Det blev bemærket af den høje gud Shiva, som skyndte sig at sluge giften, før den kunne skade de andre guder. Denne gift gjorde ham forfærdeligt syg og tørstig, så han drog op i Himalaya for at søge efter vand, som kunne mindske hans lidelser, men fandt intet. Han slyngede derfor sin trisul (trefork) mod klipperne, og straks vældede gigantiske kilder frem og skabte 54 søer. Shiva lagde sig ved bredden af en af søerne og slukkede sin tørst.
Under søens overflade ses en oval klippe, der af fromme hinduer anses for at være Shiva, hvilende på den store slange Vasuki. På den ovale klippe ses en mindre sten, der betragtes som en lingam – et fallos-formet frugtbarhedssymbol, som forbindes med Shiva. Floden, som dræner sø-området, Trisuli Khola, er opkaldt efter Shivas trefork.
Det rige plante- og dyreliv omkring Gosainkund-søerne og i den øvrige del af Langtang Nationalpark er beskrevet på siderne Planteliv – På blomsterjagt i Himalaya: Omkring Shivas hellige søer, samt Rejse-episoder – Nepal 2009: Over et snedækket pas. Hinduguder og andre aspekter af hinduismen er omtalt på siden Religion: Hinduisme.